成立于1992年，復旦大學旗下附屬司法鑒定機構，主營法醫病理鑒定、法醫臨床鑒定、法醫物證鑒定等業務的專業化企業，2007年被司法部確定為國家司法鑒定人轉崗培訓基地。

復旦大學上海醫學院司法鑒定中心(原上海醫科大學法醫學鑒定中心)于1992年成立。2002年7月29日經上海市司法局審核確認，設立“復旦大學上海醫學院法醫學鑒定中心”(司法鑒定許可證證號：310099017)。本鑒定中心隸屬于復旦大學。2010年12月經上海市司法局批準，本鑒定中心正式更名為：復旦大學上海醫學院司法鑒定中心。

本鑒定中心作為高等醫學院校的司法鑒定機構，充分發揮高校優勢，依托復旦大學實力雄厚的基礎醫學和臨床醫學學科，有完好的學術梯隊，良好的教學基地，充足的教學、科研和鑒定資源，大量科研經費和課題。滿足司法行政機關規定的資金、場地、設備的要求。

本鑒定中心成立以來，堅持實事求是、科學鑒定的原則，做到嚴謹求實、獨立公正、科學規范、準確客觀，為司法實踐活動提供了科學依據，鑒定結果采信率達到99%以上，取得了良好的社會效益。本鑒定中心面向社會，接受全國公、檢、法、司等機關以及企事業單位、社會團體和個人的委托，對訴訟、仲裁等活動中所涉及的專門性問題進行檢驗/檢測。

本鑒定中心的業務范圍：法醫病理鑒定、法醫臨床鑒定、法醫物證鑒定、法醫毒物鑒定、痕跡鑒定和法醫精神病鑒定。法醫病理鑒定主要是尸體檢驗，結合實驗室檢查，進行死亡原因鑒定及致傷物推斷等;法醫臨床鑒定主要是從事人體損傷程度鑒定和人體傷殘等級鑒定等;法醫物證鑒定主要是親子鑒定和個人識別等;法醫毒物鑒定主要是血液中乙醇等的檢測;痕跡鑒定主要是對車輛碰撞痕跡等的檢測;法醫精神病鑒定主要是精神障礙損傷程度，傷殘等級鑒定及行為能力、刑事責任能力等鑒定。鑒定中心目前有注冊司法鑒定人46名，其中高級職稱鑒定人23名，占50%。

本鑒定中心在上海市中山北一路666號設立邯鄲鑒定點，由中心統一管理。邯鄲鑒定點擁有法醫臨床鑒定的固定場所及相關設施，負責本中心在上海市東北片區的法醫臨床鑒定，鑒定項目有損傷程度鑒定和傷殘等級鑒定等。